Ассоциация была учреждена в июне 2003 года и в настоящее время объеденяет в своих рядах 20 перерабатывающих предприятий и торговую компанию. Объединение юридических лиц «Ассоциация плодоовощных предприятий» является негосударственной, некоммерческой организацией, объединяющей на добровольных началах и на основе общности интересов юридические лица, осуществляющие производство и переработку сельскохозяйственных продуктов. Органами управления Ассоциации являются: Общее собрание членов Ассоциации, которое собирается как минимум один раз в год и Совет Ассоциации, который деятельностью АПП. Председателем Совета является Д.С. Исмайлов. Текущая работа выполняется Исполнительной дирекцией, состоящей из Исполнительного директора, ассистента и бухгалтера, которые нанимаются Советом и получают зарплату.
Исполнительный директор АПП – Алимжанова Диляра Икрамовна . Контроль над расходованием финансовых средств осуществляет Ревизионная комиссия.
Имущество Ассоциации формируется из вступительных и ежегодных взносов членов Ассоциации, целевых взносов Ассоциации и доходов от собственной хозяйственной, экспертной, издательской и консультационной деятельности.